小型船舶免許の国家試験では学科試験もおこなわれます。試験の内容は受験する級により異なります。一級や二級の学科試験では、四択の問題が出題されます。二級の湖川限定の小型船舶免許では、正誤を判断する問題が出題されます。
試験の出題範囲も、一級と二級の学科試験では異なります。両方の試験に共通している試験科目は、小型船舶を操縦する人の心得に関する知識です。その他に、小型船舶を操縦する人が必ず守らなければいけない決まり事についても出題されます。小型船舶を使用した交通の方法に関する知識も出題され、運航に関する知識も出題されます。
一級の小型船舶免許試験では、上級の運航方法に関する知識も試験科目に含まれています。湖川限定の二級試験で出題されるのは、湖や川を小型船舶で運航するために必要な交通や運航の知識です。操縦者の心得や守らなければいけないことも、湖川に関連した内容で出題されます。小型船舶の学科試験に合格するためには、出題されたそれぞれの科目の問題を半分以上正解することが必要です。
全ての科目の問題の正解率が65パーセント以上であることも、試験を合格するための条件です。この条件を満たすために必要となる正答しなければいけない問題の数は、受験する級によって違います。二級の試験に合格するためには33問以上の問題を正答する必要があります。湖川限定の二級の試験は、20問以上の問題に正答できれば学科試験に合格できます。